Institutua 1965ko urrian sortu zen Pio Baroja izenarekin eta 25 irakasle zituen une horretan.
Urte hauetan instalazioak gehitu, egokitu eta berriztatu egin dira eta gaur egun ikasle asko dauka , hain zuzen ere, hauetako asko eta asko lehen promozioetako ikasleen seme-alabak dira.
Urte hauetan irakaskuntza egitasmoak aldatu egin dira eta jakina, ikastetxeak berak ere egokitu egin behar izan du.
Besteak beste, eman den aldaketarik nabarmenetakoa 1987an izan zen," D " eredua ezarri zenean.
98-99. ikasturtean Pio Baroja BIak eta Bidasoa LHIak bat egiten dute eta izen berria hartzen du: Pio Baroja-Bidasoa Bigarren Hezkuntzako Institutua.
LOGSEren ezarpenarekin bere hezkuntza-eskaintza zabaldu egingo du eta honela, Arte-Batxilergoa eta Goi Mailako bi Heziketa Ziklo bat ere eskainiko ditu (ikus gaur egungo eskaintza).
Ikastetxera datozen ikasle gehienak Irungoak badira ere beti izan ditu Hondarribitik eta Bortzirietatik (Nafarroa) etorri izan diren ikasleak. Gaur egun inguruko beste ikastetxeetan ikasi ezin diren espezialitateak ditugunez urrutiago bizi diren ikasleak ere erakartzen ditugu.
